Não que eu deixe ligado o tempo todo (o que seria feio para a conta de luz - que nem sou eu que pago), mas usei a "hibernação" do sistema. Sim, funciona - e muito bem até agora - no Linux! =D

E porque não mais do que 36 dias? Simples: 427 pacotes atualizados no último update do Debian (eu uso a versão testing e a unstable, que recebem mais atualizações). Uma delas é o "kernel" do Linux, que precisa reiniciar para carregá-lo.
E aí? Seu desktop suporta mais tempo sem desligar?
;)